Il polittico venne rubato nella notte tra il 15 e il 16 febbraio 1971 da ladri che penetrarono con facilità all’interno della Badia di San Pietro, staccarono l’ancona dalla parete sinistra del presbiterio e la smembrarono in dieci tavole (le cinque del registro principale più le cinque tavolette delle cuspidi). L’intera predella e alcuni frammenti della cornice (due piccoli capitelli, metà colonnina e il basamento con l’iscrizione “San Pietro Ap.”) vennero lasciate sul posto. Il giorno successivo al furto, furono ritirati e messi in sicurezza dalla Soprintendenza ai monumenti e gallerie per le province di Pisa, Livorno, Lucca e Massa Carrara.
Solo dopo due giorni il polittico smembrato fu recuperato a Lucca. Un articolo pubblicato su “La Nazione” del 20 febbario 1971 dà notizia della vicenda, sottovalutando però il danno subito dall’opera, documentato dalle fotografie scattate al momento del suo ritrovamento.